微波萃取儀的萃取機理可以從以下三個方面來剖析：
1、微波輻射過程是高頻電磁波穿透萃取介質達到物料內部的微管教和腺胞體系的過程。由于吸收了微波能，細胞內部的溫度將迅速回升，從而使細胞內部的壓力超細致胞壁膨脹所能蒙受的能力，結果細胞破裂，其內的有效成分自在流出，并在較低的溫度下溶解于萃取介質中。通過進一步的過濾和分離，即可失掉所需的萃取物。
2、微波所產生的電磁場可加速被萃取組分的分子由固體內部向固液界面擴散的速率。例如，以水作溶劑時，在微波場的作用下，水分子由高速動彈狀況改變?yōu)榧ぐl(fā)態(tài)，這是一種高能量的不穩(wěn)定狀態(tài)。此時水分子或者汽化以加強萃取組分的驅動力，或者釋放出自身過剩的能量回到基態(tài)，所釋放出的能量將傳遞給其余物質的分子，以加速其熱運動，從而縮短萃取組分的分子由固體內部擴散至固液界面的時間，結果使萃取速率提高數(shù)倍，并能降低萃取溫度，最大限度地保障萃取物的品質。
3、因為微波的頻率與分子轉動的頻率相干連，因而微波能是一種由離子遷移和偶極子轉動而引起分子運動的非離子化輻射能，當它作用于分子時，可增進分子的滾動運動，若分子具有一定的極性，即可在微波場的作用下產生剎時極化，并以24.5億次/s的速度作極性變換活動，從而產生鍵的振動、撕裂和粒子間的摩擦和碰撞，并敏捷天生大量的熱能，促使細胞破裂，使細胞液溢出并擴散至溶劑中。在微波萃取中，吸收微波能力的差別可使基體物質的某些區(qū)域或萃取體制中的某些組分被取舍性加熱，從而使被萃取物質從基體或系統(tǒng)中分別，進入到具有較小介電常數(shù)、微波吸收才能絕對較差的萃取溶劑中。
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